Bir grup bilimadamı, gizli bir laboratuvarda tüm zamanların en güçlü Pokemon'unu yaratmaya çalışmaktadırlar. Bunun için efsanevi Pokemon Mew'in fosilinde buldukları DNA'yı kullanarak bir dizi biyo-mühendislik çalışmasından sonra Mewtwo'yu meydana getirirler. Yarattıkları şeyin gücünden habersiz olan bilim adamları ve laboratuvarları, Mewtwo'nun uyanışıyla yok olurlar.